「FreeFileSyncは怖い」と言うイメージを持たれた方がいらっしゃるとすれば、お詫びするとともに訂正いたします。
【結論】
記事タイトル、本文中で書かれていた「同期エラー」、「同期失敗」、「同期 怖い」等の判断は誤っていました。同期先のフォルダが不定期で消えてしまったのは、NAS付属のアプリの仕様によるもの（と思われ）Free File Sync側の問題ではありませんでした。私の調査不足、認識不足でした。
【経緯】
NASのバックアップのため、NASのUSB端子に外付けHDDを追加しNAS付属のアプリでバックアップを実施。
NASには２つ以上の共有フォルダがあるのに、１つのの共有フォルダしかバックアップ出来なかった。
対応策として、同期ソフト Free File Syncを使ってバックアップを検討したが、バックアップ先のUSB－HDDからバックアップしたはずのフォルダやデータが消えてしまう現象が発生した。（頻度としては１週間に１回以上かと）
Free File Syncは基本的に気に入ってたので、何とかうまく、使っていけないかとFree File Syncの同期は怖い！旨の件名で数件の記事を試行錯誤の状況報告がてらに投稿していった。
（現在、件名に怖いの文字は削除しました）
【原因】
そもそもの、原因はFree File Sync以外のNAS付属アプリが意図せずに作動していたためだった。
【内容】
以下、説明がわかりづらいかもしれないので、読み飛ばしてもらっても結構です。
NAS付属アプリの設定を確認
従来の、NAS付属アプリの設定を確認したところ、バックアップの設定は下記のようになっていた。
DLNA以下のフォルダiTune MusicがNAS外付けUSB-HDDのトップ下のiTune Musicフォルダとしてバックアップされる。
確認のため、手動ででNAS（Baffalow製）のアプリで外付けUSBにバックアップしたところ、下記メッセージが表示される。
という事は、「バックアップ元にないファイル/フォルダがあるとバックアップ先からは削除されてしまう」
という事になる。
当初のFree File Syncの同期設定は
Free File Syncの同期設定を確認してみる。
運用時の動作
バックアップ元（NAS)
￥dlna
￥p***
￥h***
￥m***
バックアップ先（NAS外付けHDD)
￥usbdisk1
に対してバックアップ先（NAS外付けUSB-HDD）ののdlna、p**にに注目してみると、次のようになる。
①初回Free File Sync で同期後
（バックアップ元）
￥￥NAS3￥dlna
￥￥NAS3￥p***
⇒（バックアップ先）
￥￥NAS3￥usbdisk1￥copy_dlna
￥￥NAS3￥usbdisk1￥copy_p***
② ①の後、初めての水曜日にNASアプリがバックアップが自動実行された後
この処理が意図せずに実行されていてバックアップ先の対象外フォルダが消えていた。
・①の初回バックアップで存在していたバックアップ先のcopy_dlnaフォルダはNASアプリのバックアップ時において（バックアップ元に存在しないため、）USB-HDDからは削除され階層トップに次のようにバックアップされる。
⇒(バックアップ先）
￥￥NAS3￥usbdisk1￥dlna NASアプリでバックアップ
￥￥NAS3￥usbdisk￥copy_dlna Free File Syncのバックアップがフォルダ毎削除される
￥￥NAS3￥usbdisk1￥copy_p*** Free File Syncのバックアップがフォルダ毎削除される
この時点でp***のバックアップcopy_p***が削除されてしまい、バックアップされなくなる⇒FreeFileSyncの不具合と勘違い！誤った認識をしている
③２回目以降のFree File Syncでの同期後
NASアプリとFreeFileSyncでバックアップしたフォルダが混在してしまう。
⇒（バックアップ先）
￥￥NAS3￥usbdisk1￥copy_dlna FreeFileSyncでバックアップ
￥￥NAS3￥usbdisk1￥dlna ➁のNASアプリでバックアップ
￥￥NAS3￥usbdisk1￥copy_p*** FreeFileSyncでバックアップ
④ ②のさらに１週間後の水曜日にNAS付属アプリの自動実行後
Free File Syncでバックアップされたcopy_dlna、copy_p***フォルダは削除され
dlnaのみがバックアップされる。
⇒（バックアップ先）
￥￥NAS3￥usbdisk1￥copy_p*** NASアプリで削除される
￥￥NAS3￥usbdisk1￥copy_dlna NASアプリで削除される
￥￥NAS3￥usbdisk1￥dlna NASアプリでバックアップ
